Syr mozzarella pochádza z južného Talianska. Staré záznamy ukazujú, že Rimania už v polovicic 1. storočia nášho letopočtu vyrábali podobný syr z ovčieho mlieka. V 3. storočí dávali mnísi z kláštora San Lorenzo di Capua chudobným chlieb a syr „mozza“ vlastnej výroby. Z názvu „mozza“ sa vyvinul názov syra „mozzarella,“ odvodený od talianskeho slovesa „mozzare“ (= oddeliť).
S nástupom chovu vodných byvolov v 16. storočí došlo k prerodu mozzarelly z ovčieho mlieka na syr „mozzarella di bufala“ (= byvolia mozzarella), považovaného dodnes za autentický. Zhruba v polovici 20. storočia nastúpila mozzarella svoje víťazné razenie Európou. Na základe enormného dopytu sa dnes mozzarella vyrába skoro výhradne z kravského mlieka. Chuťovo sa mozzarella z kravského mlieka líší od syru z byvolieho mlieka jemnejším charakterom.