Sýr mozzarella pochází z jižní Itálie. Staré záznamy ukazují, že Římané již v polovině 1. století našeho letopočtu vyráběli podobný sýr z ovčího mléka. Ve 3. století dávali mniši z kláštera San Lorenzo di Capua chudým chléb a sýr „mozza“ vlastní výroby. Z názvu „mozza“ se vyvinul název sýra „mozzarella,“ odvozený od italského slovesa „mozzare“ (= oddělit).
S nástupem chovu vodních buvolů v 16. století došlo k přerodu mozzarelly z ovčího mléka na sýr „mozzarella di bufala“ (= buvolí mozzarella), považovaného dodnes za autentický. Zhruba v polovině 20. století nastoupila mozzarella své vítězné tažení Evropou. Na základě enormní poptávky se dnes mozzarella vyrábí téměř výhradně z kravského mléka. Chuťově se mozzarella z kravského mléka liší od sýru z buvolího mléka jemnějším charakterem.